衢州站始建于1933年，先后于2006年、2017年完成原址扩建、重建或迁址重建。衢州站新站房于2017年启用。

截至2017年1月，衢州站站房建筑总面积1.4万平方米，候车室采用高铁普速合一方式运行，车站设计最高聚集人数为3500人。2020年6月20日起，衢州站全面实施电子客票。