1、出身不同

从出身看，成立中统和军统的幕后推手不尽相同。

1926年5月，国民党中央组织部代理部长陈立夫成立了“党务调查处”，职责局限于党员情况的调查登记，与特务工作没有半毛钱关系。

1927年，老蒋迫于“清党”和派系斗争的压力，调查科增加了“调查党员思想及派系隶属”的职能，成员也由十余人增加了数倍，其工作重心由党务工作转向特务工作。1938年3月，中统在老蒋的授意下成立。

2、组织不同

中统和军统在组织上略有差异。中统围绕局长室建立了人事科、专员室、第一、二、三组，经济调查处、交通处、研究室、统计处等处室。在重庆实验区和各省市设有调查统计室，各行政机构有调查室或工作组。1941年，中统全盛时期各类工作人员多达1.3万人，加上中统控制的党员通讯员，总数约20万人。

军统成立后，“其基本工作人员，共约七千人左右。”1937年底，南京失陷后，军统迁往重庆，内部组织分为设计委员会、特种技术研究室、经济研究室、...、缮写室、医务室等等部门。军统成员遍布军队、警察、行政机构、交通运输部门以及驻外使领馆等要害部门。1943年，军统和美国海军情报所合作建立了“中美特种技术合作所”。