一、两者征管税种不同：国税系统负责征收管理的税种 ：1、增值税；2、消费税；3、进口产品增值税；4、铁道、各银行总行、保险总公司集中缴纳的营业税、所得税、城市维护建设税；5、中央企业所得税；6、地方银行和外资银行非银行金融企业所得税；7、海洋石油企业所得税、资源税；8、证券交易税等等。地税系统负责征收管理的税种：1、个人所得税；2、土地增值税；3、城市维护建设税；4、车辆使用税；5、房产税等等。

二、管理的体制不同：国家税务局系统实行国家税务总局垂直管理的领导体制，在机构、编制、经费、领导干部的职务审批等方面按照下管一级的原则，实行垂直管理。我国现有北京、天津、上海、重庆 4个直辖市，均设有地税局。比较特殊的是，目前上海市国家税务局、地税局实行合署办公。