1、分子质量不同

高分子化合物简称高分子，又叫大分子，一般指相对分子质量高达几千到几百万的化合物。

小分子就是分子量很小的天然化合物，通常是指分子量小于1000道尔顿（尤其小于400道尔顿小分子）的生物功能分子。

2、物质构成不同

小分子一般为简单的单体物质。

绝大多数高分子化合物是许多相对分子质量不同的同系物的混合物。

3、特征不同

小分子具有生物活性，绝大部分可由人体不用再分解直接吸收，大大提升了吸收效率。

高分子具有“多分散性”。

4、分子结构上

高分子的分子结构基本上只有两种，一种是线型结构，另一种是体型结构。线型结构的特征是分子中的原子以共价键互相连接成一条很长的卷曲状态的“链”（叫分子链）。

体型结构的特征是分子链与分子链之间还有许多共价键交联起来，形成三度空间的网络结构。这两种不同的结构，性能上有很大的差异。

5、性能上

高分子由于其相对分子质量很大，通常都处于固体或凝胶状态，有较好的机械强度；又由于其分子是由共价键结合而成的，故有较好的绝缘性和耐腐蚀性能；

由于其分子链很长，分子的长度与直径之比大于一千，故有较好的可塑性和高弹性。高弹性是高聚物独有的性能。此外，溶解性、熔融性、溶液的行为和结晶性等方面和低分子也有很大的差别。