1、服务对象不同。全国股份转让系统的定位主要是为创新型、创业型、成长型中小微企业发展服务。这类企业普遍规模较小，尚未形成稳定的盈利模式。

2、在准入条件上，全国股份转让系统不设财务门槛，也没有主营业务要求。

申请挂牌的公司可以尚未盈利，只要股权结构清晰、经营合法规范、公司治理健全、业务明确并履行信息披露义务的股份公司均可以经主办券商推荐申请在全国股份转让系统挂牌;但创业板不仅要求最近两年连续盈利，最近两年净利润累计不少于一千万元，且持续增长;或者最近一年盈利，且净利润不少于五百万无，最近一年营业收入不少于五千万无，最近两年营业收入增长率均不低于百分之三十，还要求主营业务突出，集中有限资源主要经营一种业务，并符合国家产业政策和环境保护政策。同时，要求募集资金只能用于发展主营业务。